Permasalahan lemahnya institusi Pokja AMPL di provinsi dan kabupaten dalam pelaksanaan program WES menjadi konsen serius oleh UNICEF. Hal ini terbukti dalam pelaksanaan program pada tahun 2011, salah satu fokus dari pelaksanan program WES adalah dengan meningkatkan kemampuan institusi di semua tingkatan. Hal ini disampaikan oleh Francois Brikke chief of WASH section UNICEF dalam pembukaan pertemuan internal pembahasan dukungan penguatan institusi yang berlangsung di kantor UNICEF. Pertemuan pembahasan ini diikuti oleh seluruh WASH specialist dan sekretariat WES dengan agenda diskusi dan brainstorming untuk memperoleh masukan terkait kegiatan dukungan institusional yang akan dilaksanakan.
Dalam sesi diskusi banyak wacana dan pertanyaan yang mengemuka terkait penguatan institusi, antara lain kebutuhan untuk peningkatkan ownership dan leadership dari institusi yang bertanggungjawab dalam pelaksanaan pembangunan sektor air minum dan penyehatan lingkungan disemua tingkatan, indikator untuk mengukur pengaruh dari pelaksanaan penguatan institusi di tingkat daerah, serta identifikasi tugas dan fungsi institusi yang terkait dalam pelaksanaan pembangunan AMPL.
Pembahasan dukungan penguatan institusi akan ditindak lanjuti dengan pertemuan lanjutan antara lain dengan WASPOLA facility, untuk mengetahui kemungkinan sinergi kegiatan terkait penguatan institusi.